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有一条海峡存在于在库页岛与东亚大陆之间，间宫林藏将这条海峡记录在《东鞑纪行》给出了地图，后来西博尔德在他的巨著《扶桑》中称其为“间宫海峡”，间宫林藏由此知名世界和扶桑。
（其实不光当地原住民早就知道，当时很多人都知道，例如在康熙帝敕命编制的《皇域全览图》中就明确将桦太标注为岛屿。版权意识真的很重要啊。）
间宫林藏、伊能忠敬、村上岛之允、松田传十郎都是幕府的勘测家，伊能忠敬完成第一份扶桑全国地图《大扶桑沿海舆地全图》（其中包括虾夷（北海道））；村上岛之允是间宫林藏的上司和老师，对扶桑地方和虾夷（北海道）进行了勘测和开发，是“北海道开拓的先驱”，同时拥有开发者和勘测家两个角色；而松田传十郎是间宫林藏勘测桦太（库页岛）的合作伙伴；间宫林藏在第一次桦太（库页岛）勘测（松田传十郎同行）后独自进行了第二次完整的勘测，经他口述、村上贞助（村上岛之允之子）执笔完成了《东鞑纪行》和《北夷分界余话》两部报告，这两部报告相对当时比较完整记叙了桦太（库页岛）和黑龙江下游地区的地理、民族、风俗和沿途见闻，因此间宫林藏是扶桑对桦太（库页岛）勘测的主要贡献者。
但无论是当时还是后来，西博尔德都比间宫林藏的名气要大的多。
菲利普弗朗兹冯西博尔德，出生在巴伐利亚王国维尔茨堡城，当时德意志并未统一（1870年普法战争之后统一的德意志帝国才正式成立）。作为德意志贵族，他被荷兰的东印度公司雇佣，作为外科军医少校来到扶桑。他拥有医学博士学位，擅长外、眼、产科，医术精湛，而且实行免费医疗，因此名声大噪，来扶桑的第二年文政七年（1824年）就经幕府特许在长崎郊外建鸣泷学塾（高岛秋帆在幕府奉行面前说了好话，“有助于培养扶桑自己的良医”），开诊所的同时教授学生医学与自然科学，门下有户塚静海、石井宗谦、二宫敬作、美马顺三、高野长英、小关三英、伊东玄朴等，这些人大部分都成为当时的名医和自然科学的先驱。因为西博尔德医术高超、医疗免费（但患者痊愈后送了不少礼物，后来西博尔德靠这些礼物在兰国开了博物馆并发了大财），并且为扶桑培养了一批优秀医生，给很多武士及家属解决了病痛，因此长崎奉行特别准许西博尔德随时自由外出就诊，西博尔德成为了当时在扶桑唯一拥有此特权的外国人-理论上荷兰人没有官方活动时只能待在荷兰商馆所在地“出岛”。
作为医学家、民族学家和博物学家，西博尔德回国后出版了西博尔德三部曲巨作《扶桑》、《扶桑植物志》、《扶桑动物志》，从此欧洲开始深入了解扶桑，他也因此名声大噪。作为博物学家，很多扶桑独有的动植物是被西博尔德给予命名的，名称使用至今。
到底西博尔德是不是间谍？据后来传闻，雇主荷兰东印度公司明确要求西博尔德进行“收集扶桑的政治、军事情报”的工作。另外通过地图交换事件上看，西博尔德并没有免费让高桥景保看一眼《世界一周记》，而是实物交换，考虑到西博尔德少校医官的军事背景，间谍之名是做实了的！而且后来西方国家对扶桑的外交和军事行动确实多次参考西博尔德的著作《扶桑》（黑船事件中的美国佩里舰队前往扶桑之前，就通过西博尔德的《扶桑》了解到了许多关于扶桑的重要信息）。
再次让人感叹高桥景保的天真，因为如果当时高桥给出一份造假的地图，西博尔德是无法分辨的；虽然西博尔德给的也是真地图，但《世界一周记》在国际上是公开资料，和相对当时的扶桑北方地图从机密程度上无法相比。
“西博尔德事件”中高桥景保的《英吉利人性情志》给予幕府很大冲击，从此幕府对外来书籍的审核尤其是对政治方面书籍的审查开始变得更加严格，而且对于兰学者的思想开始抱有怀疑和警惕。
而十一年后，天保十年(1839年）“蛮社(洋学党)之狱”发生，这是幕府对兰学者所实行的第一次正式官方压制，对扶桑兰学的发展打击更大。
随着清美贸易的发展、在扶桑近美英海捕鲸船的增多以及俄罗斯船只在北方日益增多的活动，天保九年（1838年）十二月，幕府为了防止外国船侵入扶桑沿海，命令江户南町奉行鸟居耀藏和伊豆韭山代官江川太郎左卫门两人测量和加强江户附近海岸警戒工作。
江户南町奉行鸟居耀蔵是当时首席老中水野忠邦的得力助手，观念保守而且官声不佳、操守不佳。
江川太郎左卫门就是直秀的铁炮和大筒老师江川英龙，天保六年刚接替了父亲的伊豆韭山代官，上层的政治关系还没理顺，能力也没有得到幕府高级武士的认可。
鸟居耀蔵和江川英龙两个人性情不一致，其它矛盾更多。
江川“性格端方，谈吐率直”，和直秀一直巴结的大身旗本小栗忠顺一样，说白了就是性格严肃、情商不高、不会说话。小栗以大身旗本继承人的身份都被排挤，还被起了外号叫“天狗”-外号不是说小栗长的丑或者有力量。因为当时民间传说“修行未臻火候、态度傲慢的山僧，死后会变成天狗”，所以这外号是讽刺小栗粗鲁傲慢的。
鸟居耀蔵是一个合格的官僚，笑里藏刀，而此时江川的政治智慧还未成熟，多请示、勤汇报、功劳是上司的错误是自己的，这些都不熟练，江川相比鸟居更有才华，一起工作时鸟居的面子不知道被扫了多少。
另外鸟居耀蔵是幕府三大奉行（寺社奉行、江户町奉行、勘定奉行）之一，是有资格在江户城里办公的，相比鸟居而言江川就是地方武士，鸟居对江川是有心理优势的。
尤其鸟居是个守旧武士，对喜欢兰学的江川很不满意，怎么看怎么觉得轻佻、过激。
鸟居耀蔵是一个合格的官僚，笑里藏刀，而此时江川的政治智慧还未成熟，于是鸟居立马就教江川如何做人。
江川英龙为工作邀请了渡边华山等兰学家相助，鸟居耀蔵向幕府举报渡边华山等人“诽谤幕府，图谋不轨”，由此掀起了“蛮社之狱”（或称“洋学党之乱”）。
所谓“蛮社”，就是指渡边华山等人创建的兰学研究会“尚齿会”，因为当时称西洋人为南蛮人，所以又名“蛮学社中”。当时因为兰学的内容已经由荷兰书籍扩大到整个欧洲书籍，所以兰学渐渐被称为“洋学”。
鸟居做事如何不好说，但做官绝对是一流的，时机选的准、下手对象也选的更准。
天保八年（1837年）七月，美国商船莫里森号来到扶桑，以送还扶桑漂流民为名开进浦贺要求通商，因为《异国船打拂令》遭炮击退走，后来又在萨摩山川遭到炮击。
东亚文化氛围造成了学者普遍强烈的政治责任感，以渡边华山、高野长英为首的兰学者纷纷向幕府上书，认为此举过于蛮横会遭到世界各国的谴责，希望撤销《异国船打拂令》。
此时的江户时期四大凶作（农业大饥荒）之一的“天保凶作”（1833年至1839年)还在持续，各地的“一揆”（暴动、起义）此起彼伏，各地下级官吏、学者纷纷上书要求幕府“改革吏治、惩治奸商、开仓放粮”，幕府焦头烂额，哪里还顾得上小小一艘外国船的事情。而且幕府此时因为“大盐平八郎之乱”对有影响力的学者已经非常警惕了。
“大盐平八郎之乱”发生在天保八年（1837年）二月，下层武士、农民、町民、秽多、非人共同参与，檄文“四海穷困，天禄将终，小人治国，灾害并至”、“为天下计，我辈甘冒灭族之祸，结集合志，诛殃民之官吏，戮骄奢之富商，发其窝藏之金银粮米，散于无田少田之人”，烧毁房屋三千多家，占大坂市区面积的五分之一。虽然当天就镇压下去，但影响非常深远。
暴动后，各地以大盐平八郎之名的“一揆”蜂起，同年4月．备后国(广岛县)三原郡爆发了起义，起事者打着大盐弟子的旗号，跟广岛藩军激战。同年6月，越后国(新泻县)柏崎又有自称大盐弟子的国学者生田万，散发檄文，掀起暴动，攻打幕府代官的邸宅。其余小型“一揆”不胜列举。
因为大盐平八郎是著名学者，所以幕府对有影响力的学者非常不放心。
此时是天保十年（1839年），大盐平八郎事件刚刚过去两年。幕府老中水野忠邦收到鸟居耀藏的检举，立刻派人查抄“尚齿会”，果然从渡边华山的私人笔记中找到了对幕府的诸多不满言辞，因此兴起大狱。其结果是包括渡边华山、高野长英等二十余人被逮捕，小关三英“畏罪”自杀。
“蛮社(洋学党)之狱”后，兰学者受到重大打击。
之后鸟居耀藏对洋学者再次出手。天保十三年(1842年)鸟居耀藏等人检举被幕府召来江户“制造枪炮、改革兵制、传授西洋炮术”的高岛秋帆，罪名是“阴蓄私兵、图谋不轨”。十月二日，高岛被鸟居耀藏逮捕。这其中也夹杂着鸟居耀藏和江川英龙的一点私人恩怨，高岛是江川推荐的，而鸟居耀藏之前在“蛮社之狱”事件里和江川交恶。