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崇祯十三年，洪承畴调集明军十三万人，民夫三十万，开始兵分三路向陕西和湖广进军。
李自成也集合了三十万军队，在太原设置据点，准备和明军决战。
主战场在如今的山西太原。
山西东靠太行，西有黄河，乃是东西贯通的要道。而太原东倚罕山，西临汾河，南北地势起伏，更是山西的战略要地，自古以来就是兵家必争之地。
洪承畴前锋是由曹文昭率领的五千精锐，他接连击败高一功、田化龙，最后被袁宗第和刘体仁四万人马夹击，力战之下，全身而退。
农民军三战三败，士气低落，开始转为防御。
洪承畴则分三个方向包围太原，并且派遣左良玉从太原城西南、西北两个方向突破农民军的第一道防线，切断了外援。
然后指挥手下军校攻取太原周围的山头，以及双塔寺、卧虎山等主要外围据点。
最后点明让曹文昭主攻，以城东南和东北味主要突击方向，实施攻城。
就这样，在一年的大战之后，农民军被官兵击败，各方头目颇多被斩杀，其余大多率领残部向河南进军，意图东山再起。
这场战斗中，李自成虽然战败，但是老营并没有太大损失，主力尚存。
而洪承畴本想乘胜追击，但是这时候因为赏罚问题，军中酿起了兵变。
洪承畴以缴获犒赏军队，这才平息，但是太原当地的乡绅豪族却怀恨在心，联系京城官员弹劾洪承畴。
崇祯皇帝力排众议，坚持任用洪承畴。
但这场政治风波已经经过一个月，洪承畴根本来不及追击，无法扩大战果。使得农民军有了短时间内东山再起的机会。
崇祯十四年，多地爆发干旱，然后又是大瘟疫。
这场瘟疫席卷整个大明，京城每日病死者达千人之多，死尸遍地，从早到晚拉运尸体的板车络绎不绝。
百姓民不聊生，易子而食，逃亡流民多达百万，官府无力救治，流民纷纷投靠农民军，李自成轻摇薄役，普及抗旱作物，实力大增，重新攻占太原，染指河南。
崇祯十五年，萨尔哈图联合野人女真各部，在大金后方反叛。
萨尔哈图派遣使者请求明国帮助，李毅调集一批军资支援，使得野人女真实力大增。
皇太极后院起火，只好放过代善，准备全力浇灭叛乱。
东江军却突然进攻威宁营，多尔衮战败退往盛京，东江军兵临城下。
李毅则率领三万人马从广宁卫出发，驰援东江军。
盛京被围攻，皇太极再也没有耐心到处搜捕野人女真各部，调转兵锋与李毅战于城下。
两部人马在盛京决战，李毅以火炮轰开皇太极军阵，以密集阵型不断射杀后金兵丁，后金的強弓骑射无法占到便宜，皇太极只好让包衣推着盾车掩护甲兵，付出巨大死伤之后终于冲到明军军阵前。
李毅当然不会让新式军队近战，于是派遣辽东军上前应敌，两部绞杀，无比惨烈。
皇太极敏锐的感觉的李毅比较在乎火铳手，于是让豪格带领骑兵绕后想要收割火铳兵，但被祖大寿的关宁铁骑拦住，这场站到从午后一直延续到傍晚，双方死伤惨重，皇太极终于还是选择主动撤退，退到盛京城内。
李毅并没有继续追击，他明白自己现在兵力不足，也没建立稳定的粮道。
皇太极如果想龟缩在城中，找机会阻断自己的粮道，这一战自己根本无法打下去。
但是面子上自己还是要围城佯攻的，不然无法和朝廷交代。
果然，第二天皇太极就开始频繁袭击粮道，李毅无法分兵保护粮道，只能后撤。
这一战，皇太极损失惨重，再也无法维持对代善的势力压制，两方达到了一种平衡。
而李毅则试炼了新军，通过击败皇太极，建立了自己在军中的威望，至此之后，辽东每个兵卒都相信，只要有李督师在，就在不也用怕鞑子了。
而百姓们通过以工代赈，开始过上安居乐业的生活，他们每家每户都供奉李毅的雕像，每个村子都建了李毅的生祠，李毅收获了整个辽东的民心军心。在辽东有着极高的声望，可谓是不知皇帝是哪位，督师就是福老天。
另一边，李自成兵力一个月就扩充五十万，实力大增。
他没有贸然进攻直隶地区，而是先进攻河南。
崇祯十六年冬，李自成成功攻克洛阳，杀福王，天下震惊。
明朝廷震怖，但是各部衙门却一直拿不出御敌的方案。兵部调遣兵丁需要银子，户部根本拿不出来，让工部挪用一部分，工部哪里愿意。吏部和礼部只在中间和稀泥，什么用都没有，整个朝廷乱成一团。
温体仁这个首辅不想着积极备战，反而借这个机会排除异己，为自己的亲信安插高位，整个朝堂乌烟瘴气，很多有识之士看不过去纷纷弹劾温体仁，结果不是丢了官，就是被下狱问罪。
就这样浪费了两个月时间，崇祯皇帝只好自己先拿出来一部分银子，各部再挪用一部分，总算是筹够了钱。
而这时候明军接连战败，战火已经烧到了北直隶，哪里有时间调集兵力。
崇祯呕心沥血，每天几乎只睡一个时辰，眼看李自成快要打到了京师，这才让洪承畴领兵，和李自成在开封对峙。
然而因为仓皇调集兵丁，又不发军饷，明军叫苦连天，指挥混乱，军队突然哗变，烧杀抢掠，无恶不作。
特别是左良玉部，更是为了掩盖罪行，屠杀村落，以良冒功，累累罪行，罄竹难书。
开封当地的百姓纷纷逃亡，很多投靠李自成，甘愿当向导为李自成带路。
洪承畴心力交瘁，只能一面勒索大户筹集军饷，一面严惩作恶兵丁。结果被弹劾，崇祯压下弹劾，逼迫洪承畴进军。
开封一战，明军兵力没有调集完成，指挥混乱，士气低落，根本不是李自成的对手。
大战刚刚开始，被拖欠军饷的兵丁就纷纷逃亡，明军士气崩溃，猛将曹文昭只得带家丁冲阵以来鼓舞士气，但被农民军团团包围，无人救援，最后惨死沙场。
洪承畴无力回天，兵败之后自刎而死，被封为文忠公。
至此一战，明军短时间内再也没有对抗李自成的实力。