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就在林俊秀开始进组拍摄《午夜飞行》的同时，同名小说也通过文艺春秋出版社开始发行。按照林俊秀与文艺春秋及讲谈社达成的谅解，偏严肃题材的小说将由文艺春秋出版社发行，而偏大众题材的小说则交由讲谈社发行。林俊秀这本小说因为涉及到校园霸凌、青春期同性恋等等社会题材，因此自然就交给了文艺春秋出版社发行。
虽然小说中的部分素材是由林俊秀的助理们搜集的，但是小说的署名权还是林俊秀的。这本来就是创作圈的规则，想要索要署名权那就必须为作品做出了一定程度的原创贡献才行。仅仅是为小说搜集创作素材是无论如何也归类不到“原创贡献”里来的，所以这本小说还是林俊秀的小说。
和韩版的《夜间飞行》相比，林俊秀在《午夜飞行》里加入了许多日本特有的元素。特别在风格上，林俊秀融入了不少当初对《坏孩子的天空》的理解。很多人赋予了青春太多的美好词汇，结果到了北野武这里，将青春的残酷和残忍赤裸裸地展现出来。
有人说，青春是人类从孩童过度到成人的动荡阶段，人一旦度过这个时期，那孩童时的纯真就消失得干干净净，人也就从“动物人”变成“社会人”。林俊秀觉得这段话说得没有错，但是很多人认为这种转变是负面的。可很多人却没有意识到一件事，人在青春期的时候往往会做出他自己都不敢想象的最残酷的事情。所谓少拳打死老师傅，除了老师傅体力衰退之外，还在于少年人是不会也不知道要收敛自己的。所以，少年人一旦犯错，错误往往让人感到可怕。
林俊秀从不觉得青春有多美好，所谓“美好的青春”只不过是成年人选择性地遗忘罢了。当他还是那个四十岁挣扎在社会上的驻日记者时，他曾经和一个中学时代的朋友喝酒。在林俊秀和所有同学的印象里，大家那个时候无忧无虑，过着“美好的清楚”。
特别是林俊秀喝酒的这个男人，他可是学校里的风云人物，高喊一声就有无数人应和的那种“大哥”。但是他却告诉林俊秀，中学的那几年是他过得最黑暗的岁月，他好几次都想自杀了断自己。他所谓的“强大”和“彪悍”都是被人逼出来的保护色。他家境贫寒同时又学习成绩不好，在当年很多农村地区的中学就是原罪。
在一些教书育人的老师看来，你这样的人还来念书干嘛？不是来降低我们班或我们学校的升学率么？在这些老师的暗示和纵容之下，很多人开始疏远乃至于攻击他。为了保护自己，他才不得不挥拳。可一旦他挥拳了，关于他是混混等消息就坐实了。于是不仅让更多的老师讨厌他，连带着许多不明真相的家长也开始对学校施加压力，希望将他赶走。他只能用拳头征服其他人，让自己拥有一群“朋友”。
可为此他也付出了惨重的代价，少年的名声一塌糊涂，他的父母也越发在村子里抬不起头来。因为很多人都告诉他们，你们的儿子就是流氓！他长大了只会浪费粮食，而且肯定在18岁的时候被国家抓去枪毙啥的。所以，他高中后就没有念书了，而是南下打工。
等他奋斗出一份小小的事业之后，他干的第一件事就是捐钱。因为，他要洗掉他过往的名声，否则他依旧无法面对他所出生和成长的这个地方。听完他的话，林俊秀才发现自己和很多人当年都不过是借着“纯真”的名义在霸凌这个可怜的少年。如果要比起残忍，成年人是远远比不过少年郎的。
小说里有俊、泽和志雄三个少年，三个少年曾是邻居，在小学时代一起度过。
志雄的父亲因为在公司里犯下不可饶恕的罪行而被公司开除，由于志雄父亲曾供职的那个公司非常有名，于是志雄父亲在整个职业圈子里臭了名声，没有任何人敢聘用他，志雄父亲不得不从白领变成每天在工地上打零工的苦力工人。
日本的苦力工人其实薪资不错，因为他们对应需要缴纳的社会福利更少，所以雇佣单位在薪资方面就显得稍微“大方”一点。但是志雄父亲每天却都将工资花在居酒屋和风俗店里，志雄也从一个普通少年变成人人唾弃的孩子。于是志雄就和林俊秀的那个同学一般，学会了用暴力保护自己。他成了小混混，带着一帮兄弟收取保护费，成了高中附近一带出了名的黑帮小头目。
和志雄相比，俊和泽的生活则幸福了许多。俊是英俊潇洒的学霸，学校里公认的校草，集万千宠爱于一身；泽则是俊身边那个温润少年，虽然不尽俊那般夺目，但也是学校少有的英俊少年。随着两人升入高中，情窦初开的彼此都察觉到内心与常人的不同，但却怯弱地将这种情感隐藏在内心最深处。因为此时的日本还是个异常保守的社会，同性恋在一定程度上被视为“不正常”乃至于“不应该存在”的事物。
泽听说学校附近有一所同志酒吧，名字就叫“午夜飞行”。好奇的他带着试探和憧憬的情愫在某次补习后骑着自行车前来窥视，只不过当他在酒吧里被不怀好意的大叔吓走之后却发现自己的自行车被偷走了。郁闷的泽只好步行回家，还因此受到了父母的抱怨。泽家虽然还算小康，但是泽还有弟弟妹妹在念书，因此很难再有钱给泽买自行车。
不过泽很快发现许久没有见到的志雄推着自行车来找自己了，因为偷泽自行车的小偷就是志雄手下的人。而志雄认出了泽的自行车，就要了过来还给了泽。知道泽偷偷摸摸去了“午夜飞行”，志雄还告诫他不要去那些鱼龙混杂的地方。但是此时的泽却完全被多年没有见过的志雄给吸引住了，尚未完全褪去少年青涩的志雄身上展现出了属于成年男子和少年男孩的两种气质。一见倾心是什么？此时的泽就明白了。在相爱的那一刻，你就知道你爱上了他。
和志雄重新联系上的泽开始和志雄走动起来，志雄也不排除昔日的好友来找自己，毕竟自己的手下也没几个和自己是真心好友。只有在泽的面前，志雄才会收起自己的暴戾，露出温柔和开心的那一面。在这个时候，泽是志雄阴暗生命里的唯一光芒，让堕落在地狱深渊的自己尚不至于沉底沉沦；而志雄则是泽心底最美好的那片芬芳，那种注定无法在阳光下怒放的蔷薇花就在这那旮旯里倔强地生长。在相处中，少年们都察觉到各自心底的那种感觉。爱究竟是什么？没有人能给出一个完整的定义，但是少年却知道他们之间是爱。
被泽疏远的俊吃醋了，他发现他原来是那么爱泽。当泽在自己身边的时候，他并没有觉得什么；可泽离开之后，那个空洞却逼得他发了疯。他跟踪泽，然后偷拍到了泽和志雄的亲密行为。俊的理智在这一刻崩掉了，他用这个视频威胁泽，并在校园里肆意地霸凌和蹂躏泽。甚至他还公开传播泽是同性恋，于是泽在学校和社团里受到的霸凌更多了。进教室被其他男生泼冷水，女生们嫌弃他是异类，老师觉得他很肮脏。甚至在厕所或社团的角落里，他被人羞辱得更加过分。但是泽还是倔强地坚持着，因为他知道在放学后，会有人微笑地等着自己。
而就在昔日好友互相折磨的时候，俊手里的记忆卡被老师真彦拿到了。原本以为只是恶作剧的俊发现事情开始超出自己的控制，真彦将这件事彻底曝光了，志雄和泽的关系那么直接的摊开在所有人的面前。为了保护泽，志雄说一切都是自己强迫泽的。但是真彦不依不饶，他向志雄索要了一个高昂的价格。
为了赎回这个记忆卡，志雄开始替组织贩卖药品。于是志雄被警方逮捕，为了给志雄筹律师费，一无所有的泽再次去了午夜飞行，找到了那个大叔。从那一晚开始，他不断地前往午夜飞行，然后再跟不同的人离开。
当俊得知泽为了帮志雄开始出卖身体的时候，他找到了真彦老师，希望他能放过泽。但是真彦却告诉俊，泽和志雄这种社会垃圾应该趁早消灭掉，否则给社会将带来更大的灾害。此时的真彦仿佛是真理的掌握者，同时他们也反映了一种社会态度，那就是教育应该和自然界一样主动去淘汰那些无法成长的幼苗。但是不少的“不合格者”本身就是教育所造成的，然后又被教育说要主动抛弃。
这样的理念其实串起来就可怕了，因为人并不是一个物件，并不是一个你玩坏了就可以丢弃的物件。俊虽然无法理解真彦说法背后的恐怖，但是他却知道他真的会将自己的朋友给弄死。他不喜欢志雄，是因为嫉妒志雄；不喜欢泽，也是因为嫉妒。但是，他并没有考虑过自己要真正失去他们。趁着真彦还在侃侃而谈的时候，俊抓起了棒球棒……故事的最后，三个少年骑着自行车在夕阳的小路上你追我赶，笑声随着太阳缓缓消失。
和电影剧本相比，小说其实更加残酷。因为文字可以削弱视觉的冲击力，所以同样的力度，用文字和用画面表现出来的效果是不一样的。但同样的，画面留下的冲击力虽然强，但很快就会被遗忘；可文字的冲击力却是刻在骨子里的，有的时候几乎是终身难忘。
作为林俊秀在春秋文艺出版社的编辑，矶嶋恒康看完小说之后，说道：“林君，如果可以的话，我真希望这本书能够不被出版。因为这个故事实在是太残酷了，你不但戳破了‘美好青春’的虚幻泡泡，而且还将它最丑陋的一面展现了出来。我想，等到图书上市的时候，教育界会有很多攻击你的意见。看来，这会是一本惹来社会热议的小说呢。”
为了应对教育界可能的抨击，林俊秀在文中所涉及到的校园霸凌事件都能找到相应的原型，而且这些事件时至今日并没有得到妥善的解决。毕竟日本政府的官僚主义作风与西方人权等东西结合到一起之后，所谓的正义和公平往往就无人知晓了。